O Clípper foi fundado no dia 1° de junho do ano de 1954, na esquina das ruas Santa Izabel e Visconde de Porto Alegre, no bairro Praça 14 de Janeiro. Primeiramente foi sugerido que seu nome seria Eclipse(talvez por isso a combinação do preto com amarelo, como um sol sombreado) mas, seus dirigentes decidiram inovar e adotar o nome atual.
Apesar de ter sido vice-campeão amazonense por duas vezes, nunca participou de competições nacionais.
A era amadora
O Cliper disputou varias edições do Campeonato Amazonense nessa era, porém em 1964 com a profissionalização do Campeonato o clube passou a destinar-se unicamente às categorias de base e campeonatos amadores da cidade, deixando de ingressar na recém criada liga profissional, como a maioria dos mais de 21 clubes que disputavam o Amazonense em suas divisões na época.
Na era amadora do futebol Amazonense, o Clíper não chegou a apresentar grandes performances, mas, surpreendeu ao aplicar um 7-3 sobre o clube de maior reconhecimento do estado, o Nacional, resultados deste tipo são poucos na história do Nacional, e, o Cliper foi um dos poucos a ter esse feito entre clubes do estado.
O profissionalismo
O Cliper, até então uma equipe com grande tradição nas categorias de base e em campeonatos amadores, sempre conseguindo boas campanhas, resolveu debutar em âmbito profissional em 1996, sendo vice-campeão estadual daquele ano com o apoio de empresários de Manaus, perdendo o título para o Nacional. Além disso o clube ainda teve o artilheiro do campeonato, Alcimar, com 11 gols.
Em 2002 o Cliper voltou a ser competitivo e disputou o título, mas o Nacional mostrava-se difícil de ser batido na competição e levou o campeonato. O Cliper naquele ano ganhou seu único título profissional: a Taça Amazonas, em convênio com o frutífero município de Itacoatiara.
Em 2020, o Cliper conquistou o título de Campeão Amazonense da Série B, ao vencer no pênaltis, o JC Futebol Clube de Itacoaiara. Após o empates sem gols no tempor normal regulamentar, vitória por 4 a 3 nos pênaltis.
Hino
surge o velo de ouro a brilhar
com a água dourada a voar
sobre a estrada do vulto futebol
centenário de valor
combinado à paixão
clíper clube
tu és a esperança
também és juventude
clube do coração
defesa que agiganta
quando o inimigo se levanta
meio-campo estrategista
e o ataque que conquista
nos cordéis adversários
sua marca a deixar
(bis)
mostra meu time querido
tua devoção para ganhar
e fazer uma nova era
a explosão dessa galera
a alegria a contagiar
preto e amarelo são as cores dessa raça
dessa águia que congraça a magia nesse dia
(bis)
voa sobre os campos do amazonas
clíper clube pra vitória alcançar